Il secondo boot loader per &architecture; è LILO. È un programma vecchio e molto complesso che offre parecchie funzionalità, compresa la gestione dell'avvio per DOS, Windows e OS/2. Se si hanno delle necessità particolati, leggere con attenzione le istruzioni nella directory /usr/share/doc/lilo/; si veda anche il LILO mini-HOWTO. Attualmente l'installazione di LILO crea nel menu solo le voci per gli altri sistemi operativi se questi possono essere caricati in catena. Questo vuol dire che potrebbe essere necessario aggiungere manualmente le voci di menu per avviare sistemi operativi come GNU/Linux e GNU/Hurd dopo l'installazione. Il &d-i; offre tre scelte su dove installare il boot loader LILO: Master Boot Record (MBR) In questo modo LILO ha il completo controllo sul processo d'avvio. nuova partizione Debian Scegliere questa voce se si vuole usare un altro boot manager. LILO viene installato all'inizio della nuova partizione per Debian e funziona da boot loader secondario. Altra scelta Utile per gli utenti più esperti che vogliono installare LILO da qualche altra parte, infatti viene chiesto dove installare. Si possono usare i nomi in stile devfs, ovvero quelli che iniziano con /dev/ide, /dev/scsi e /dev/discs, e nello stile tradizionale, come /dev/hda o /dev/sda. Se dopo l'esecuzione di questo passo non è più possibile avviare Windows 9x (o DOS), è necessario usare un dischetto d'avvio per Windows 9x (MS-DOS) ed eseguire il comando fdisk /mbr per reinstallare il master boot record di MS-DOS; purtroppo dopo questa operazione è necessario usare un metodo alternativo per avviare Debian.