Il principale metodo che si usa per installare i pacchetti sul proprio sistema è il programma chiamato apt-get, dal pacchetto apt Notare che il vero programma che installa i pacchetti si chiama dpkg. Comunque questo pacchetto è qualcosa di più di uno strumento di basso livello. apt-get è uno strumento di livello più elevato che richiamerà dpkg nel modo dovuto, sia perché sa come installare altri pacchetti che siano richiesti dal pacchetto che si sta tentando di installare, sia perché è anche capace di recuperare il pacchetto da CD, rete o in qualche altro posto. . Altre interfacce per la gestione dei pacchetti come aptitude, synaptic ed il più vecchio dselect impiegano e dipendono da apt-get. Queste interfacce sono consigliabili ai nuovi utenti poiché integrano alcune altre caratteristiche (ricerca dei pacchetti e verifica dello stato) in un'interfaccia utente gradevole. apt deve essere configurato indicando da dove può recuperare i pacchetti. Il programma d'installazione si occupa automaticamente della maggior parte della configurazione basandosi sul supporto d'installazione. Il risultato di questa configurazione è scritto nel file /etc/apt/sources.list che è possibile esaminare e modificare a proprio piacimento una volta conclusa l'installazione.