Se si dispone di AmigaOS, si può usare il programma HDToolBox per partizionare il disco prima dell'installazione. Atari utilizza tre caratteri ASCII come identificatori ("ID") di partizione, usare LNX per le partizioni che conterranno dati e SWP per quelle di swap. In caso si usi il metodo d'installazione per sistemi con poca memoria, servirà anche una piccola partizione Minix (di circa 2 MB), il cui ID è MNX. Errori nell'impostazione degli ID corretti impediranno non solo al processo d'installazione Debian di riconoscere le partizioni, ma faranno anche sì che TOS tenti di utilizzare le partizioni Linux, cosa che confonderà il driver del disco fisso, rendendo l'intero disco inaccessibile. Sono disponibili moltissimi programmi di partizionamento di terze parti (l'utilità harddisk Atari non permette di cambiare l'ID delle partizioni), ma questo manuale non può fornire una descrizione dettagliata del funzionamento di ciascuno di essi. Seguono dettagli su SCSITool (di Hard+Soft GmBH). Lanciare SCSITool e scegliere il disco che si vuole partizionare (la voce select dal menu Disk). Dal menu Partition, scegliere New per aggiungere nuove partizioni o modificare le dimensioni delle partizioni esistenti, oppure Change per modificare una specifica partizione. A meno che non si siano già create partizioni con le dimensioni appropriate e non si voglia solo modificare il loro ID, New è probabilmente la scelta migliore. Nel caso si scelga New, selezionare existing nella finestra di dialogo che chiede le impostazioni iniziali. La finestra successiva mostra un elenco delle partizioni esistenti, che è possibile sistemare usando i pulsanti di scorrimento o facendo clic negli istogrammi. La prima colonna dell'elenco contiene il tipo di partizione, basta fare clic sul campo di testo per modificarlo. Quando si è finito, si possono salvare le modifiche e abbandonare la finestra con il pulsante OK. Nel caso si scelga Change, selezionare la partizione da modificare dall'elenco e other systems nella finestra di dialogo. La finestra successiva riporta informazioni dettagliate sull'ubicazione di tale partizione e permette di modificarne l'ID. Salvare le modifiche e chiudere la finestra con il pulsante OK. Annotare i nomi Linux di ciascuna delle partizioni che sono state create o modificate per poterle usare con Linux, secondo . Chiudere SCSITool usando la voce Quit dal menu File. La macchina si riavvierà per assicurarsi che TOS usi la tabella delle partizioni modificata. Se si è modificato delle partizioni TOS/GEM, esse verranno invalidate, perciò dovranno essere reinizializzarle (vi avevamo detto di fare il backup del contenuto del disco, vero?). Nel sistema d'installazione c'è un programma di partizionamento per Linux/m68k chiamato atari-fdisk; per ora raccomandiamo di partizionare il disco utilizzando un editor di partizioni TOS o qualche altro programma. Se il proprio editor non permette di modificare il tipo di partizione, si deve compiere tale operazione cruciale più avanti (dal ramdisk temporaneo d'installazione). SCSITool è solo uno degli editor di partizioni di nostra conoscenza che supportano la selezione di tipi di partizione arbitrari, ce ne possono essere altri. Scegliere un programma che soddisfi le proprie esigenze. I programmi di partizionamento per Macintosh da noi testati comprendono pdisk, HD SC Setup 7.3.5 (Apple), HDT 1.8 (FWB), SilverLining (LaCie) e DiskTool (Tim Endres, GPL). Per HDT e SilverLining servono le versioni complete. Il programma di Apple richiede una patch per riconoscere dischi prodotti da terze parti (si può trovare una descrizione di come applicare la patch a HD SC Setup usando ResEdit su ). Per i Mac basati su IDE si deve usare Apple Drive Setup per creare dello spazio vuoto per le partizioni Linux e completare il partizionamento sotto Linux, oppure usare la versione MacOS di pdisk scaricabile da Alsoft.