Per arrestare un sistema Linux non si deve riavviare la macchina con il pulsante reset sul computer né spengere il computer. Linux dovrebbe essere spento in modo controllato altrimenti si potrebbero perdere dei file e/o si rischia di danneggiare il disco. In un ambiente desktop solitamente è disponibile nel menu delle applicazioni l'opzione per il log out che permette anche di spengere (o riavviare) il sistema. In alternativa è possibile premere la combinazione di tasti Ctrl Alt Canc oppure Control Shift Power sui sistemi Macintosh. Come ultima possibilità, nel caso le combiazioni di tasti non funzionino o si preferisca digitare dei comandi, si può fare il login come root ed eseguire uno dei seguenti comandi poweroff, halt o shutdown -h now; usare reboot per riavviare il sistema.