Per arrestare un sistema Linux non si deve riavviare la macchina con il pulsante reset sul computer né spengere il computer. Linux deve essere spento in modo controllato altrimenti si potrebbero perdere dei file e si rischia di danneggiare il disco. È possibile premere la combinazione di tasti Ctrl Alt Canc oppure Control Shift Power sui sistemi Macintosh. Si può anche fare il login come root ed eseguire shutdown -h now, reboot o halt nel caso le combiazioni di tasti non funzionino o si preferisca digitare questi comandi.