Pour arrêter un système Linux en marche, vous ne devez pas redémarrer en appuyant sur le bouton-poussoir « reset » sur le devant de votre ordinateur, ni simplement arrêter l'ordinateur. Linux doit être arrêté de la bonne manière, sinon des fichiers pourraient être perdus et le disque pourrait être endommagé. Vous pouvez appuyer sur la combinaison de touches CtrlAlt Del . ou Control Shift Power sur Macintosh. Vous pouvez aussi vous connecter en tant que superutilisateur et exécuter shutdown -h now, reboot, ou halt, quand les combinaisons de touchent ne fonctionnent pas ou si vous préférez exécuter des commandes.