Para apagar un sistema Linux activo, no debe reiniciarlo con el botón «reset» que se encuentra en frente o detrás del ordenador, o simplemente apagarlo. Linux debe ser apagado en una forma controlada, de otro modo algunos ficheros podrían perderse y/o producirse daño al disco. Si está ejecutando un entorno de escritorio encontrará, generalmente, una opción para para desconectarse disponible desde el menú de aplicación que le permite apagar (o reiniciar) el sistema. También puede presionar la combinación de teclas Ctrl Alt Del o Control Shift Power en sistemas Macintosh. La última opción es acceder al sistema como superusuario y escribir poweroff, halt o shutdown -h now, si cualquiera de las combinaciones de teclas no funcionan o prefiere escribir órdenes. Puede utilizar reboot para reiniciar el sistema