Para apagar un sistema Linux activo, no debe reiniciarlo con el botón «reset» que se encuentra en frente o detrás del ordenador, o simplemente apagarlo. Linux debe ser apagado en una forma controlada, de otro modo algunos ficheros podrían perderse con el consiguiente daño al disco. Puede presionar la combinación de teclas Ctrl Alt Del o Control Shift Power en sistemas Macintosh. También puede ingresar al sistema como superusuario y escribir shutdown -h now, reboot o halt si cualquiera de las combinaciones de teclas no funcionan o prefiere escribir órdenes.