Uživatelé nejčastěji instalují balíky programem apt-get z balíku apt Ve skutečnosti balíky instaluje program na nižší úrovni: dpkg. dpkg je podle potřeby volán z nástroje apt-get, který se stará o získání potřebných balíků ze sítě, CD nebo jiného zdroje a také o vyřešení závislostí mezi nimi. . Aby apt věděl, odkud má balíky získávat, musí se nastavit. S tím pomůže komponenta apt-setup, která vše nastaví víceméně automaticky na základě typu instalace (síťová, CD) a dříve zodpovězených otázek. Jestliže jste například zavededli instalaci ze sítě, zvolili jako výchozí jazyk češtinu a neměnili nastavení zrcadla, použije se pravděpodobně síťový zdroj ftp.cz.debian.org. Nastavení apt se zapisuje do souboru /etc/apt/sources.list, který můžete po instalaci prozkoumat a v případě potřeby upravit. Správné nastavení apt je důležité, protože apt využívají i jeho nadstavby aptitude a synaptic. Oba programy mají pěkné uživatelské rozhraní a přidávají zajímavé funkce jako hledání dle různých kritérií nebo interaktivní řešení závislostí. Pravdou je, že aptitude je nyní doporučován jako ten správný nástroj pro správu balíků.