Jestliže používáte AmigaOS, můžete upravit původní oblasti ještě před instalací programem HDToolBox. Identifikátory (ID) diskových oblastí v Atari jsou tříznakové položky: pro datové oblasti se používá LNX a pro oblasti s virtuální pamětí SWP. Pokud instalujete systém na počítač s malou pamětí, je nutno také vytvořit malou Minixovou oblast (asi 2MB), která bude mít identifikaci MNX. Pozor! Nejen že špatné nastavení ID jednotlivých oblastí zabrání instalačnímu programu rozpoznat diskové oblasti, ale také způsobí, že TOS se bude pokoušet použít na linuxové oblasti, což se nebude líbit ovladači pevného disku, který na oplátku prohlásí celý disk za nedostupný. Mezi ataristy existují spousty rozdělovacích programů od třetích společností (Atari utilita harddisk bohužel nepovolí změnit ID oblasti) a tento manuál se nemůže detailně zabývat každým z nich. Následující postup tedy pokrývá program SCSITool (od Hard+Soft GmBH). Spusťte SCSITool a vyberte disk, který chcete rozdělit (menu Disk, položka select). Z menu Partition vyberte buď New pro přidání nových oblastí nebo změnu velikostí stávajících, nebo Change pro změnu jedné konkrétní oblasti. Pokud ještě nemáte vytvořené oblasti se správnými velikostmi a nechcete jenom změnit ID oblasti, je asi lepší použít možnost New. Pokud jste zvolili New, vyberte v dialogovém okně položku existing. V následujícím okně se zobrazí seznam existujících oblastí, které můžete doladit posuvníky. První sloupec v seznamu obsahuje typ oblasti, který můžete editovat kliknutím do textového pole. Když skončíte s editací oblastí, uložte změny kliknutím na tlačítko OK. V případě že jste zvolili Change, vyberte ze seznamu oblast, kterou chcete změnit a v dialogovém okně vyberte other systems. Další okno vypíše detailní informace o umístění vybrané oblasti a nechá vás změnit ID oblasti. Změny uložte kliknutím na tlačítko OK. Někam si poznamenejte linuxová jména těch oblastí, které jste vytvořili nebo změnili pro použití Linuxem — viz . Ukončete SCSITool přes menu File a položku Quit. Počítač se restartuje, abyste měli jistotu, že TOS používá změněnou tabulku oblastí. Pokud jste změnili jakoukoliv TOS/GEM oblast, bude neověřená a bude se muset znovu inicializovat (říkali jsme vám, že si máte zálohovat všechna data na disku, že?). V instalačním programu existuje rozdělovací nástroj pro Linux/m68k nazvaný atari-fdisk, ale zatím doporučujeme rozdělovat disk editorem oblastí v TOS, nebo nějakým jiným nástrojem. Pokud váš editor oblastí nemá možnost editovat typ oblasti, můžete udělat tento kritický krok později (z dočasného instalačního RAMdisku). SCSITool je jediný nám známý editor oblastí, který podporuje výběr libovolného typu oblasti, ale samozřejmě mohou existovat i jiné nástroje — vyberte si ten, který vyhovuje vašim požadavkům. Na Macintoshi byly testovány následující nástroje pro dělení disku: pdisk, HD SC Setup 7.3.5 (Apple), HDT 1.8 (FWB), SilverLining (LaCie) a DiskTool (Tim Endres, GPL). U programů HDT a SilverLining je vyžadována plná verze. Aby nástroj od Applu mohl rozpoznat disky jiných výrobců, musí být opraven. (Postup jak opravit HD SC Setup za pomoci ResEditu je k dispozici na .) Pro Macintoshe používající IDE disky je potřeba k vytvoření prázdného místa pro linuxové oblasti použít program Apple Drive Setup a vlastní dělení disku provést až v Linuxu. Další možností je použít MacOS verzi pdisku, který lze stáhnout z FTP serveru MkLinuxu.