Pokud budete měnit diskové oddíly se souborovými svazky FAT nebo NTFS, doporučuje se buď postup popsaný dále v textu, nebo použití programů dodávaných se systémy DOS nebo Windows. V opačném případě není nutné provádět rozdělení disku z těchto systémů, lepších výsledků obvykle docílíte linuxovými nástroji. Možným problémem může být velký IDE disk, na kterém nepoužíváte ani LBA adresování, ani překládací ovladač od výrobce, nebo pokud máte starší BIOS (vyrobený před rokem 1998), který nepodporuje rozšíření pro velké disky. Potom je nutné umístit zaváděcí oddíl do prvních 1024 cylindrů na disku (obvykle prvních 524 MB), což může vyžadovat posunutí stávajících FAT nebo NTFS oblastí. Jedna z nejčastějších situací je přidání Debianu na systém, kde už je DOS (případně Windows 3.1), Win32 (například Windows 95, 98, Me, NT, 2000, XP) nebo OS/2, aniž by se zničil původní systém. Instalační program podporuje změnu velikosti oblastí se souborovým systémem FAT a NTFS (ovšem počátek oblasti se nesmí posunout). V takovém případě nemusíte postupovat podle této kapitoly a můžete disk rozdělit až při instalaci, kde zvolíte Ručně upravit tabulku oblastí , vyberete oblast a zadáte její novou velikost. Nejprve se rozhodněte, jak chcete disk rozdělit. Postup v této sekci rozdělí jeden oddíl na dva. První bude obsahovat původní operační systém a druhý bude pro Debian. Během instalace Debianu budete mít příležitost druhou část disku dále rozdělit. Myšlenka je taková, že se veškerá data přesunou na začátek oddílu, aby, až se změní záznamy o rozdělení disku, nedošlo ke ztrátě dat. Důležité je, abyste mezi přesunutím dat a změnou oddílu provedli co nejméně operací. Snížíte tak možnost zápisu nějakého souboru do volného místa na konci oblasti a tím větší kus se vám podaří ukrojit z původního oddílu. Budete potřebovat program fips, který najdete na svém debianím zrcadle v adresáři tools. Rozbalte archív a nakopírujte soubory RESTORRB.EXE, FIPS.EXE a ERRORS.TXT na systémovou disketu. Systémová disketa se vytvoří příkazem sys a:. Program fips je doplněn velmi kvalitním popisem, který jistě oceníte v případě, že používáte při přístupu na disk kompresi dat nebo diskový manažer. Vytvořte si systémovou disketu a než začnete defragmentaci, přečtěte si dokumentaci. Dalším krokem je přesun dat na začátek oddílu. To umí program defrag, jež je součástí systému DOS od verze 6.0. Dokumentace k programu fips obsahuje seznam jiných programů, které můžete k tomuto úkonu použít. Jestliže používáte Windows 95 a vyšší, musíte použít jejich verzi programu defrag, poněvadž verze pro DOS nezvládá souborový systém VFAT, který obsahuje podporu dlouhých jmen u Windows 95 a vyšších. Po ukončení defragmentace disku, která může na větších discích chvíli trvat, zaveďte systém z připravené systémové diskety. Spusťte a:\fips a postupujte podle nápovědy. Pokud s programem fips neuspějete, můžete zkusit přehršel jiných programů pro správu disku. Při vytváření oddílů pro DOS nebo změně jejich velikosti linuxovými nástroji, pozorovali někteří uživatelé problémy s takto připravenými oddíly. Někdy se jednalo o zhoršení výkonu, jindy se objevily časté potíže s programem scandisk nebo divné chyby systémů DOS a Windows. Kdykoliv vytvoříte nebo změníte velikost oddílu určeného pro DOS, je dobré vymazat prvních pár sektorů. Před spuštěním programu format v systému DOS, proveďte z Linuxu # dd if=/dev/zero of=/dev/hdXX bs=512 count=4