Běžící linuxový systém nesmíte vypínat tlačítkem reset nebo prostým vytažením napájecí šňůry ze zásuvky. Pokud se Linux nevypne řízeně, mohou se soubory na disku ztratit nebo poškodit. Používáte-li desktopové prostředí, obvykle se v menu vyskytuje položka Odhlásit, která vám umožní systém vypnout (případně restartovat). Na konzoli můžete použít klávesovou kombinaci Ctrl Alt Del nebo na Macintoshích Control Shift Power . Pokud žádná z předchozích možností nefungovala, můžete se přihlásit jako uživatel root a zkusit některý z příkazů poweroff, halt nebo shutdown -h now. Pro restart systému použijte příkaz reboot.