Uživatelé nejčastěji instalují balíky programem apt-get z balíku apt. Ve skutečnosti balíčky instaluje program na nižší úrovni: dpkg. dpkg je podle potřeby volán z nástroje apt-get, který se stará o získání potřebných balíčků ze sítě, CD nebo jiného zdroje a také o vyřešení závislostí mezi nimi. Aby APT věděl, odkud má získávat balíčky, musí se nastavit. S tím pomůže aplikace apt-setup. Správné nastavení APT je důležité, protože APT využívají i jeho nadstavby dselect, aptitude nebo synaptic. Po skončení instalace můžete nastavení APT kdykoliv změnit spuštěním programu apt-setup, nebo ručně upravit soubor /etc/apt/sources.list. Jestliže se v tomto okamžiku nachází v mechanice oficiální CD, pak by toto CD mělo být automaticky bez ptaní nastaveno jako zdroj pro apt. Poznáte to podle toho, že uvidíte jak je CD zkoumáno. Uživatelům bez oficiálních CD bude nabídnuto několik možností, jak získat debianí balíky: FTP, HTTP, CD-ROM nebo lokální souborový systém. Všimněte si, že je úplně normální (a dokonce výhodné) mít několik různých APT zdrojů i pro jeden a ten samý archív Debianu. apt-get automaticky ze všech dostupných verzí balíčku vybere tu s nejvyšším číslem verze. Nebo pokud máte například jako zdroje uvedeny HTTP i CD-ROM, apt-get bude implicitně využívat CD-ROM a HTTP použije pouze pokud na síti bude novější verze daného balíčku. Na druhé straně není nejlepší nápad přidat zbytečně mnoho APT zdrojů, protože to zpomalí proces kontroly síťových archívů na nové verze. Jestliže plánujete instalovat zbytek sytému po síti, nejvhodnější volba je asi zdroj http. Zdroje dostupné přes ftp nejsou o nic horší, ale navazování spojení může trvat déle. V dalším kroku sdělíte apt-setupu zemi, ve které žijete, a podle toho se zobrazí podmnožina oficiálních internetových zrcadel Debianu ležících v dané zemi. Z nabídnutého seznamu vhodných serverů si některý vyberte. Po výběru zrcadla budete dotázáni na nastavení proxy serveru. Proxy server slouží jako prostředník mezi vámi a Internetem — místo abyste se obrátili přímo na server v Internetu, požádáte svůj proxy server a ten váš dotaz předá cílovému serveru v Internetu. Internetový server odpoví vašemu proxy serveru a ten předá odpověď vašemu počítači. Většina domácích uživatelů zde nemusí nastavovat nic, proxy server se většinou vyskytuje jako součást firewallu pro větší nebo podnikové sítě, kde slouží jako jediný vstupní bod do Internetu. Někdy je proxy server nastaven, tak, že vyžaduje autentizaci uživatele. V takovém případě budete muset zadat i příslušné uživatelské jméno a heslo. Nakonec bude nově zvolený síťový zdroj balíčků otestován, a jestli vše dopadne dobře, budete vám nabídnuta možnost přidat další zdroj. Pokud se vyskytne problém (server není dostupný, neobsahuje zvolenou verzi Debianu, apod.), můžete si ze seznamu vybrat jiný server Je-li zvolený server dlouhodobě nedostupný, je možné, že již neexistuje, protože seznam zrcadel se vytváří před vyjitím stabilní verze Debianu, což mohlo být před několika měsíci (a v některých případech i před několika lety). , případně zkusit jiné nastavení proxy serveru.