Si esteu executant AmigaOS, podeu usar el programa HDToolBox per ajustar les particions natives abans de la instal·lació. Els IDs de partició d'Atari son tres caràcters ASCII, usa LNX per dades i SWP per particions swap. Si useu el mètode d'instal·lació en memòria baixa, també necessitareu una petita partició Minix (sobre 2 MiB), per la qual l'ID de partició serà MNX. Un error al definir l'ID de partició apropiat no només impedeix que el procés d'instal·lació de Debian reconeixi les particions, sinó que a resultes de que TOS intenti usar les particions Linux, confon al controlador del disc dur i el fa tot inaccessible. Hi ha multitud d'eines de partició de tercers disponibles (la utilitat harddisk d'Atari no permet canviar l'ID de partició); aquest manual no dona descripcions detallades de totes elles. La següent descripció cobreix SCSITool (de Hard+Soft GmBH). Inicieu SCSITool i seleccioneu el disc que voleu particionar (menú Disk, ítem selecciona). Des de el menú Partició, seleccioneu o bé Nou per afegir noves particions o canviar la mida de les particions existents, o Canvia per canviar una partició específica. A menys que hàgiu creat particions amb la mida correcte i només vulgueu canviar l'ID de la partició, Nou és probablement, la millor opció. Per la opció Nou, seleccioneu existent en el quadre de diàleg sol·licitant els paràmetres inicials. La següent finestra ens mostrarà una llista de particions existents les quals podreu ajustar usant els botons de desplaçament, o fent un clic a la barra. La primera columna a la llista de particions és el tipus de partició; fes un clic a la caixa de text per editar-lo. Quan hàgiu acabat de canviar els paràmetres de la partició ,graveu els canvis tancant la finestra amb el botó OK. Per la opció Canvia, seleccioneu la partició a canviar a la llista de selecció, i seleccioneu altres sistemes al quadre de diàleg. La següent finestra mostra informació detallada sobre la localització d'aquesta partició, i us permet canviar l'ID de partició. Graveu els canvis tancant la finestra amb el botó OK. Escriviu els noms Linux per cadascuna de les particions que heu creat o canviat per usar-les amb Linux — veieu . Sortiu de SCSITool usant la opció Surt del menú Arxiu. L'ordinador es reiniciarà per fer efectius els canvis a la taula de particions usada per TOS. Si heu canviat algunes particions TOS/GEM, seran invalidades i hauran de ser re-inicialitzades (aconsellem fer una copia de tot el que tingueu al disc, o no?). Hi ha una eina de particionament per Linux/m68k anomenada atari-fdisk al sistema d'instal·lació, però per ara recomanem que particioneu el disc usant l'editor de particions de TOS o alguna eina de disc. Si el vostre editor de particions no té una opció per editar el tipus de partició, podeu fer aquest pas crucial en un pas posterior (des del disc RAM temporal d'instal·lació). SCSITool és només un dels editors que coneixem que suporten selecció arbitrària de tipus de partició. Poden haver-n'hi d'altres; seleccioneu l'eina que satisfaci les vostres necessitats. Les eines de particionament per Macintosh testades inclouen pdisk, HD SC Setup 7.3.5 (Apple), HDT 1.8 (FWB), SilverLining (LaCie) i DiskTool (Tim Endres, GPL). Versions completes són requerides per HDT i SilverLining. L'eina d'Apple requereix un pedaç per reconèixer discs d'altres fabricants (una descripció de com apedaçar HD SC Setup usant ResEdit el podeu trobar a ). Per Macs amb bus IDE, necessitareu usar Apple Drive Setup per crear espai per les particions Linux i finalitzar el particionament Linux, o useu la versió de MacOS de pdisk disponibles al servidor FTP MkLinux.