Per aturar un sistema Linux, ni heu de reiniciar prement el botó de reiniciar l'ordinador, ni heu de prémer el botó d'apagar. Per evitar que es perdin fitxers o es produeixin errors al disc hauríeu d'aturar-lo de manera controlada. Si utilitzeu un entorn d'escriptori, és comú tenir a l'abast l'opció Surt al menú que us permet apagar (o reiniciar) el sistema. De forma opcional podeu utilitzar la combinació de tecles Ctrl Alt Del o en el cas del sistemes Macintosh Control Shift Power . Una última opció és entrar com a root i escriure una de les ordres poweroff, halt o shutdown -h now si no funcionen les combinacions de tecles o preferiu escriure ordres; o utilitzeu reboot per reiniciar el sistema.