El principal mètode que s'utilitza per instal·lar paquets al sistema, és basa en la utilització d'un programa del paquet apt anomenat apt-get. Recordeu que el programa que s'utilitza actualment per a la instal·lació de paquets s'anomena dpkg. Tot i això, aquest paquet és una eina de més baix nivell. L'apt-get cridarà el dpkg de forma adecuada; el primer és de més alt nivell, ja que és capaç d'instal·lar els paquets dels quals depèn el paquet que voleu instal·lar i obtenir el paquet d'un CD, de la xarxa o de qualsevol lloc. L'APT s'ha de configurar perquè localitzi els llocs d'on ha d'obtenir els paquets. L'aplicació que us ajudarà en el procés de configuració s'anomena apt-setup. El següent pas del procés de configuració és indicar a l'APT la ubicació d'altres paquets de Debian. Recordeu que podeu tornar a executar l'aplicació en qualsevol instant posterior a la instal·lació utilitzant l'ordre apt-setup o editant manualment el fitxer /etc/apt/sources.list. Si en aquest instant hi ha insertat un CD-ROM a la unitat, aquest s'hauria de configurar automàticament com a una font de l'apt. Us n'adonareu perquè s'estarà escanejat el CD-ROM. Els usuaris que no disposin d'un CD-ROM oficial podran accedir als paquets de Debian a través de diversos mètodes: FTP, HTTP, CD-ROM o el sistema de fitxers local. Heu de saber que és viable disposar de múltiples fonts diferents de l'APT, encara que corresponguin al mateix arxiu de Debian. L'apt-get agafarà el paquet amb la versió més alta de les múltiples versions disponibles. Per exemple, si disposeu d'una font de l'APT en HTTP i una en CD-ROM, l' apt-get hauria d'utilitzar automàticament el CD-ROM local sempre que fos possible, i accedir a HTTP únicament si hi hagués una versió més nova. Tot i això, no és recomanable afegir fonts de l'APT innecessàries, ja que tendirà a alentir el procés de comprovació de les noves versions en els arxius en xarxa. Si planegeu instal·lar la resta del sistema mitjançant la xarxa, l'opció més comuna és seleccionar la font http. També s'accepta l'ftp, però tendeix a alentir connexions més lentament. El següent pas és especificar a l'apt-setup el país on viviu. Aquesta opció configura el mirall d'Internet de Debian oficial al qual us connectareu. En funció del país que seleccioneu us apareixerà una llista d'ordinadors possibles. En general és correcte escollir el primer de la llista, però qualsevol d'ells hauria de funcionar correctament. Si ho esteu instal·lant via HTTP, us preguntarà sobre la configuració del servidor intermediari. Aquesta opció és necessària en cas d'estar darrere un tallafocs, en una xarxa corporativa, etc. Finalment es comprovarà la nova font de paquets de la xarxa. Si tot funciona correctament us preguntarà si ho voleu repetir amb un altre font de la xarxa.